Bueno, el otro día lo estuve buscando, y aunque me costó algo encontrarlo, al final lo conseguí ^^
Creando un proyecto de consola, es posible ocultar ésta y dejar ejecutando el programa, esto es útil si quieres tener una especie de servidor, y no quieres que nadie te cierre la consola por accidente (por ejemplo)
Bueno, os pego el código y lo explico un poco:


class Program
{
[System.Runtime.InteropServices.DllImport("user32.dll")]
private extern static int ShowWindow(System.IntPtr hWnd,int nCmdShow);

static void Main(string[] args)
{
ShowWindow(Process.GetCurrentProcess().MainWindowHandle,0);
//AQUÍ EL CÓDIGO
Thread.Sleep(System.Threading.Timeout.Infinite);
}
}

Así de fácil
en la clase Program, la que se crea por defecto al iniciar un nuevo proyecto de consola, antes del main , importamos la dll y definimos la función.
Y una vez en el código, podemos llamarla… y listo!
Así conseguimos que se oculte la consola.
Cuando ejecutemos el programa, la consola saldrá un momento y desaparecerá, pero nuestro programa se quedará ejecutando por detrás.

Espero que os sea útil!! ^^